威海海事局下设石岛、龙眼、南港、北港、文登、乳山六个海事处（其中，南港与北港合并，文登与乳山合并，乳山海事处对外保留序列）；设指挥中心、监管一处、监管三处、督察处、办公室、党群工作部、财务处、装备与信息处八个内设部门和政务中心一个内设部门办事机构。同时设执法支队。